A la fin de Kingdom Hearts, les joueurs ayant rempli certaines conditions avaient droit à une superbe cinématique bien mystérieuse, qui posait plus de questions qu'elle n'en résolvait. Sans surprise donc, mais au grand bonheur des fans, Square Enix annonce en 2003 une suite à cette première rencontre entre les univers de Disney et de Final Fantasy. Les premiers détails sur le jeu sont alors assez minces : l'équipe de développement révèle simplement qu'il se déroule après Chain of Memories, et que Sora, Donald et Dingo seront à nouveau les personnages principaux de l'aventure. Tetsuya Nomura avouera plus tard que le titre a été annoncé trop tôt, seulement quelques mois après la sortie de Kingdom Hearts Final Mix. La réalisation du jeu ayant a peine commencé, les fans n'ont pas eu grand chose à se mettre sous la dent jusqu'à ce qu'une date de sortie soit décidée.

L'histoire se déroule un an après les évènements du premier opus, et reprend là où s'arrêtent ceux de Kingdom Hearts 358/2 Days. Passée la désormais traditionnelle cinématique d'introduction, le joueur se retrouve dans les baskets d'un personnage totalement inconnu, Roxas, dans une ville qui l'est tout autant. Qui est ce garçon, et où diable sont passés Sora et ses amis ? Ces questions ne trouveront réponse que plus tard dans l'aventure, puisque des événements bien étranges se déroulent dans la Ville du Crépuscule. Des photos volées, de mystérieuses créatures aux intentions visiblement mauvaises, et des individus qui semblent connaître Roxas depuis bien longtemps : inutile de dire qu'il ne sait plus où donner de la tête. D'autant plus qu'il rêve régulièrement des souvenirs d'un autre garçon qu'il n'a pourtant jamais vu...

Bien entendu, on retrouve dans ce nouvel opus les compagnons de Sora, Donald et Dingo, mais aussi une bonne partie des personnages Disney déjà présents dans le volet précédent. D'autres mondes font également leur première apparition dans la série : celui de Mulan, de Pirates des Caraïbes et de Tron. Mention spéciale à la Rivière Intemporelle, un monde en noir et blanc s'inspirant des premiers dessins animés mettant en scène Mickey, et plus particulièrement de Steamboat Willie : une franche réussite. Du côté de la série Final Fantasy, dix-sept personnages au total ont été recrées par les développeurs : si l'intérêt scénaristique est souvent limité, Léon, Yuffie, Aerith et Cid jouent toutefois un rôle important dans la reconstruction de leur monde, celui de la Forteresse Oubliée. D'un point de vue technique, Kingdom Hearts II est largement supérieur à son prédécesseur. Les développeurs ont fait preuve d'un immense talent dans la conception des mondes et des décors, incroyablement diversifiés et délicieusement charmants. Ils n'ont pas dénaturé l'aspect original des univers Disney pour autant : les personnages de Pirates des Caraïbes, par exemple, sont d'un réalisme saisissant.

Le gameplay du jeu a lui aussi nettement évolué : tout en gardant pour bases ce qui a fait son succès, de nombreux ajouts ont été apportés au système de combat pour le rendre plus dynamique et prenant, et corriger les défauts soulignés par les critiques à la sortie du premier épisode. Sora peut désormais fusionner avec ses compagnons, contrôlés par l'IA, et ainsi accéder à des techniques plus puissantes dans un domaine ou un autre. Le système de réaction, qui consiste à appuyer sur la touche triangle lorsqu'elle apparaît à l'écran, est également bien mieux exploité, aussi bien au cours des phases d'exploration que lors des affrontements. Les phases de jeu du vaisseau Gummi ont aussi été entièrement retravaillées pour proposer une expérience bien plus axée sur l'action aux joueurs : là encore, les développeurs sont parvenus à largement améliorer cette facette du gameplay. Quant à la musique, c'est une fois de plus l'excellente Yôko Shimomura qui occupe le rôle de compositrice, dont le style met toujours aussi bien en musique l'univers de la série.

La version occidentale du jeu, publiée en 2006, présente quelques différences par rapport à l'édition japonaise. Très certainement pour pouvoir convenir aux plus jeunes, certaines scènes violentes ont en effet été légèrement modifiées, notamment en ce qui concerne le sang et les armes. Le titre sort ensuite une seconde fois au Japon sous le nom de Kingdom Hearts II Final Mix+. Sa nouveauté la plus importante est sans doute une suite époustouflante à la fin secrète du jeu, intitulée Birth by Sleep, qui introduit l'épisode PSP du même nom.