S'appuyant sur le succès foudroyant du premier épisode, Square propose moins d'un an après son coup de poker un nouvel opus, sobrement nommé Final Fantasy II. Comme cette suite qui n'en était pas vraiment une n'était absolument pas prévue, les développeurs ont fait le choix de réaliser un jeu mettant en scène de nouveaux personnages, et de ne pas reprendre le monde de l'épisode précédent. Final Fantasy II, toujours développé sur NES, va également introduire des éléments que l'on retrouvera dans tous les épisodes de la saga, comme les légendaires Chocobos, et le non moins fameux Cid.

L'histoire nous conte les aventures de trois jeunes habitants du royaume de Fynn : Firion, Guy et Maria. Au cours de l'invasion de leur ville par l'armée de l'Empereur de Palmecia, ils ont perdu familles et amis, ainsi que le frère de Maria, Léon, qui était pourtant avec eux. Pris en embuscade aux abords de la ville, ils vont en effet être séparés. Tandis que nos héros vont être sauvés par Hilda, princesse de Fynn et chef de la rébellion, Léon restera introuvable. Décidés à découvrir ce qu'il est advenu de ce dernier, et à mettre un terme au règne de l'Empereur, les trois amis vont rejoindre la résistance. Ils vont ainsi faire la connaissance de nombreuses personnes qui les aideront à mener à bien leur quête, tous unis par une seule et même volonté : arrêter l'Empereur.

De son temps, Final Fantasy II était novateur à bien des niveaux. Ainsi, le scénario de ce titre faisait la part belle aux sentiments humains tels que l'amour, l'amitié, ou encore la détermination. Mais il mettait également en scène la vie et la mort, qui est ici largement centrée sur le sacrifice. Si le gameplay est resté assez similaire à Final Fantasy, le système d'apprentissage est au contraire très différent. Cet opus fait effectivement partie de ces quelques RPG dans lesquels les personnages n'ont pas de niveau à proprement parler. Leurs statistiques vont plutôt augmenter en fonction de leur arme et de leur comportement lors des affrontements. Si ce système a déplu à de nombreux joueurs, il sera néanmoins repris dans la série SaGa.

Sorti au Japon en 1988, Final Fantasy II n'arrivera en Occident que de nombreuses années plus tard. Même si une version américaine, intitulée Final Fantasy II: Dark Shadow Over Palakia, avait été entamée à l'époque, le projet ne s'est jamais concrétisé. Les États-Unis et l'Europe n'ont ainsi pu s'y essayer qu'en 2003, grâce à un remake PlayStation s'appuyant sur l'édition WonderSwan Color sortie deux ans plus tôt au Japon. Pour bénéficier d'une traduction française, il aura fallu attendre la version Gameboy Advance, commercialisée en 2004. Cette cartouche sous-titrée Dawn of Souls, qui rassemble Final Fantasy et Final Fantasy II, apportera par ailleurs quelques nouveautés. Enfin, à l'occasion des vingt ans de la série, une nouvelle version de l'épisode est réalisée pour la PlayStation Portable.