Final Fantasy IX est le dernier épisode de la série à être sorti sur PlayStation, l'ultime opus auquel Hironobu Sakaguchi a véritablement participé, mais aussi la dernière participation de Nobuo Uematsu en solo. Ce projet a donc bénéficié d'un soin particulier et traite de sujets chers au créateur de la saga : la vie, la mort, les souvenirs et les complots. L'équipe de développement se compose de pointures provenant d'univers différents, parmi lesquels Parasite Eve, Chrono Trigger et Front Mission. Mais le jeu rassemble aussi les cultures. Japonais et Américains se côtoient au sein de l'équipe de développement, basée à Hawaï. Ceci explique le changement radical entre les deux précédents opus et ce neuvième épisode : le monde, Gaïa, diffère complètement et se montre beaucoup plus "fantasy" que technologique. Les personnages adoptent également un style plus enfantin grâce au style "super deformed", une tête disproportionnée par rapport au corps. Si l'humour est omniprésent, ce titre n'en reste pas moins grave et profond par moments, notamment à travers les sentiments, les doutes et les combats des protagonistes.

La joyeuse troupe des Tantalas arrive à Alexandrie à bord du Prima Vista pour y donner une représentation de "Je veux être ton oisillon", une célèbre pièce de théâtre que tous les habitants, nobles, paysans et Moogles réunis, sont impatients de voir. Pourtant, l'objectif de Djidane et de ses amis est tout autre : le roi Cid les a en effet chargés de kidnapper la princesse Grenat pour la ramener à Lindblum. Cette occasion tombe à point nommé pour cette dernière, qui souhaitait justement quitter le royaume, tourmentée à cause des agissements de sa mère et inquiète pour sa santé mentale. Ces derniers temps, la reine Branet n'est visiblement plus elle-même : une étrange fascination pour le pouvoir s'est emparée d'elle et la pousse à conquérir les royaumes voisins. Les soupçons de Grenat se verront confirmés lorsqu'elle parviendra de justesse à s'échapper, en compagnie de Djidane, sur le vaisseau volant des Tantalas. La reine, folle de rage, n'hésite pas à lancer l'assaut sur le Prima Vista, au risque de blesser sa fille. Gravement endommagé, il s'écrasera non loin du château d'Alexandrie, dans une bien sombre forêt...

Au niveau du gameplay, Final Fantasy IX marque avant tout le retour des combats à quatre, qui se basent toujours sur le système ATB (Active Time Battle). Cependant, le déroulement des affrontements est désormais assez lent et manque parfois de dynamisme. On retrouve également les limites, ici appelées transes, ainsi que les PM qui avaient disparus dans Final Fantasy VIII. En ce qui concerne les compétences des personnages, qui se veulent le reflet de leurs personnalités respectives, elles dépendent des pièces d'équipement qui leurs sont associés. Une fois la compétence acquise, le combattant peut l'utiliser comme bon lui semble, sans avoir à porter l'objet en question.

Pour agrémenter ce titre diablement complet, les développeurs ont mis en place un nouveau système nommé ATE (Active Time Event). Il permet au joueur, à des moments de l'aventure définis au préalable, de découvrir ce qu'il se passe à un autre endroit, au même moment. Des nombreux mini-jeux font également leur apparition, avec par exemple le Tetra Master, jeu de carte stratégique et prenant, successeur du génial Triple Triad. Une myriade de quêtes annexes comme la Mog-Poste et la chasse aux trésors sont également de la partie, et allongent largement la durée de vie du jeu déjà très importante.

Pour le lancement américain de Final Fantasy IX, une grande campagne de pub est mise en place en partenariat avec Coca-Cola. De nombreux concours sont également proposés aux joueurs, leur permettant de gagner des peluches et des figurines des personnages du jeu. Le 16 février 2001, le titre arrive enfin en Europe, sept mois après sa sortie japonaise. Il se vendra à plus de 5 millions d'exemplaires à travers le monde. Une grande partie de l'équipe de développement se retrouvera à l'occasion de la réalisation de Final Fantasy Crystal Chronicles: The Crystal Bearers, dans lequel des personnages de Final Fantasy IX feront leur apparition.