C'est lors du Tokyo Game Show 2007 que Square Enix a annoncé le développement de Kingdom Hearts 358/2 Days en exclusivité sur Nintendo DS. Dès l'année suivante, ce nouvel épisode, toujours dirigé par Tetsuya Nomura, était jouable sur le salon dans une version démo montrant les grands principes du système de combat et les possibilités de cette version DS développée par le studio h.a.n.d.

Cet épisode met en scène le personnage de Roxas au sein de l'Organisation XIII. Il propose donc une vision plus noire de l'univers du jeu, le joueur prenant possession du treizième membre de cette sombre organisation qu'il a découvert et combattu dans les épisodes précédents. Au fur et à mesure de l'aventure, on entre plus en profondeur dans la personnalité de Roxas pour en apprendre davantage sur son passé, ses doutes et son rôle au sein de l'Organisation. Rapidement, on s'interrogera sur l'arrivée et les intentions de Xion, le quatorzième et mystérieux membre de l'Organisation...

Si la Nintendo DS se brille pas par ses performances graphiques, elle permet aux développeurs d'innover en mettant au point des possibilités nouvelles rendues possibles par l'écran tactile de la console. Malheureusement, Square Enix n'a pas souhaité tirer partie de ces fonctionnalités particulières. Ainsi, 358/2 Days conserve un gameplay intuitif et des combats globalement identiques à ceux des deux premiers épisodes sur PlayStation 2. Malheureusement, si le plaisir d'effectuer d'impressionnants combos assez facilement est intact, les problèmes de caméra bien connus de la série restent présents.

L'originalité de cet épisode réside dans la présence d'un mode multijoueurs, qui constitue d'ailleurs le principal atout de cette version. Quatre joueurs peuvent ainsi coopérer en réseau local en incarnant les grandes figures de l'Organisation XIII pour venir à bout de plusieurs quêtes dans des mondes issus de l'univers de Disney.