Une fois la Matéria Analyse en votre possession, Chadley, le jeune stagiaire infiltré de la Shinra, vous proposera plusieurs missions pour compléter ses rapports. Il faudra toujours retourner le voir pour valider vos analyses et lui permettre de vous proposer de nouvelles Matérias, y compris des invocations. Le Rapport 01 - Analyse de la faune est assez trivial : il vous suffit d'équiper la Matéria Analyse, puis d'effectuer une analyse sur deux ennemis différents au cours d'une autre mission, par exemple. Retournez voir Chadley qui vous proposera, en guise de récompenser, d'acheter la Matéria Auto-Soin. D'autres rapports sont ainsi débloqués.

Débutez la quête en allant voir le quincailler. Il vous demande d'exécuter les rats géants qui se terrent dans le terrain vague situé derrière le bar du Septième Ciel, au Nord du bidonville. Une fois les Rats-Garou éliminés, retournez voir le quincailler, puis faites un retour au terrain vague pour, cette fois, abattre les Rats géants, sensibles à la magie. Retournez voir le quincailler pour conclure cette mission secondaire.

Après avoir discuté avec le ferrailleur, direction l'usine abandonnée. Une fois entré dans l'entrepôt, rendez-vous à l'extrême Ouest pour trouver un coffre renfermant 2 Antidotes. Explorez la zone pour tomber nez-à-nez face au premier lézard volant. Dans ce même hangar, côté Sud, pensez à récupérer 2 Calmants derrière une porte. Revenez sur vos pas pour emprunter l'autre chemin menant jusqu'à un nouveau hangar rempli d'ennemis. Une Matéria Feu vous attend au bout du cul-de-sac, plus au Sud. Vous y trouverez également un distributeur automatique d'objets et un banc pour regagner l'intégralité de vos PV et PM. Une fois les derniers lézards volants terrassés, retournez voir le ferrailleur pour obtenir votre récompense (500 Gils) et débloquer une nouvelle quête annexe, Le Dynneglauh.

Allez discuter avec la petite fille au Sud du bidonville pour lancer la mission, qui consiste à retrouver trois chats perdus. Le premier se trouve à l'entrée du quartier résidentiel, tout à l'Est. Le second vous attend juste à l'entrée du bar du Septème Ciel. Enfin, rendez-vous dans la petite cour confinée près de votre appartement. Vous y trouverez les félins, il ne vous reste plus qu'à retourner voir la petite fille vous terminer cette mission passionnante.

Après avoir discuté avec Wymar, rendez-vous dans l'Avenue des débris pour, à son extrémité, découvrir votre cible. Combattez le Molosse errant puis, quand il s'enfuit, retournez à l'entrée de la zone pour parler à Wymar. Vous pourrez ainsi retourner sur le champ de bataille et combattre plus sérieusement la bestiole, en n'oubliant pas d'utiliser la magie Feu pour l'affaiblir. Retournez voir Wymar pour clore cette mission secondaire.

Cette nouvelle mission secondaire est accessible après avoir accompli Les lézards volants de l’usine abandonnée. Parlez au férailleur, puis retrouvez Gwen sur la Place du pilier. Elle vous demandera d'éliminer le Dynneglaugh, en prenant soin de récupérer avant la clé de l'usine cachée dans l'une des caisses de la Shinra. Fouillez donc les environs jusqu'à tomber, au bout de l'usine vers l'Est, sur trois caisses dans laquelle se trouve la clé. Équipez-vous d'une Matéria Vent si ce n'est pas déjà fait, puis retournez à la porte auparavant fermée pour combattre le Dynneglaugh, sensible à cet élément. Une fois vaincu, retournez près de Gwen pour récupérer votre récompense, 1 Bracelet astral.

Cette histoire secondaire se débloque automatiquement après avoir accompli les six missions annexes du chapitre 3. Tifa vous propose de vous reposer, retournez donc à votre appartement pour discuter avec Marle. Discutez avec Tifa, puis choisissez la tenue que vous lui recommandez (votre choix aura un impact plus tard au cours de l'aventure). Retournez parler à Marle pour obtenir un accessoire, le Croissant de lune porte-bonheur.