Sur votre chemin, prenez les nombreux coffres qui s'offrent à vous (une Vipère Hallebarde pour Cid, un Bracelet Eclair, une Hypnocouronne, un Mégalixir, mais aussi la Matéria Super Magie et une Source de Pouvoir. En suivant la route, vous arriverez jusqu'au Glaçon-Village. Fouillez toutes les maisons pour trouver de nouveaux objets (dont le Surf des Neiges dans la maison du petit garçon au centre et la Carte Glacier dans l'hôtel), puis achetez de nouvelles armes. Parlez au personnage situé au fond du village. Elena essaye de vous frapper. Si vous n'arrivez pas à éviter ses coups, vous vous retrouverez chez le professeur Gast. Il ne vous reste plus qu'à retourner au fond du village et de sortir à droite. Vous entamez maintenant une descente en snowboard avec Clad. Après une chute douloureuse, vous vous réveillez dans le Désert de Glace.

Vous devez maintenant traverser cette région enneigée. Sachez que si vous faiblissez trop, vous vous retrouverez chez Holzoff, où vous pourrez sauvegarder et recommencer votre parcours. Allez tout d'abord vers la droite, prenez la Potion et sortez en haut à droite. Allez à droite deux fois, puis deux fois vers le haut. Si vous avez bien suivi le chemin, vous devriez tomber dans un écran où est placée une Matéria Coupure Supplémentaire. Continuez, touchez la source thermale et sortez vers le haut pendant deux écrans.
Sortez de la Plaine Glacée par la droite, traversez trois écrans et combattez la jeunne femme (Neige) pour obtenir la Matéria Alexandre. Essayez maintenant de retourner chez Holzoff (si vous êtes perdu, attendez que vos personnages tombent de fatigue).
D'autres objets parsèment le Désert ! Partez donc de la maison en allant vers le bas puis allez dans la caverne en bas à gauche. Vous trouverez une Matéria Tout, puis d'autres objets en vous baladant un peu (essayez de fouiller dans tous les écrans que vous traversez). Une fois votre ballade terminée, retournez à nouveau chez Holzoff.

Vous allez maintenant entamer l'escalade du Glacier. Pour ne pas mourir de froid, pensez à vous réchauffer à chaque fois que vous le pouvez. Prenez le chemin de la falaise et grimpez jusqu'à la première grotte. Passez le pont de glace puis empruntez le passage menant vers un cavité cachée sur le mur de droite. Vous y trouverez un Ruban. Revenez près des glaçons bloquant le passage, et faites rouler la pierre en haut de l'écran pour continuer. Ouvrez le coffre contenant un Javelot pour Cid, et ressortez.
Continuez votre ascension, et entrez dans une nouvelle grotte. Prenez l'Elexir dans le coffre et sortez par la droite pour monter et combattre les glaçons. Le combat terminé, ouvrez les deux coffres contenant un Bracelet de Feu et un Mégalixir, puis continuez votre chemin (vous pouvez maintenant traverser le gouffre). Prenez la Source de Rapidité, sortez et prenez la Super Epée. Contournez la montagne, montez par la gauche et sauvegardez votre partie après avoir bu l'eau du bassin et préparé votre équipe (protégez-vous de la Glace et du Feu). Shizo vous attaque.

Une fois ce nouveau combat terminé, vous arrivez au Cratère Nord.

Descendez. Tifa vous rejoint si elle n'était plus dans votre équipe. Ramassez la Matéria Néo Bahamut et sauvegardez votre partie. Faites attention au vent, qui peut vous faire tomber dans le gouffre ! Continuez votre route autour des clones et ramassez tous les objets (dont un Poing de Kaiser pour Tifa) qui se présentent à vous. Avant de continuer, équipez vos personnages afin qu'ils soient immunisés contre le Feu. Vous tombez plus loin face à Sephiroth, qui engagera un combat. Jenova-Mort vous affronte.

Une fois Jenova-Mort éliminée, vous ramassez la Matéria Noire. Avancez, sauvegardez et récupérez la Matéria Turbo MP. Progressez une fois de plus avec attention, et enlevez tout l'équipement de Clad (Matérias, armes, armures et accessoires) avant de quitter cet écran. Sephiroth vous propose alors un flash-back, retraçant l'histoire de Clad. Une fois tous les dialogues passés, Clad donne la Matéria Noire à Sephiroth, et les ARMES sortent du cœur de la planète.

Clad a disparu, et Tifa et Barret sont prisonniers de Rufus à Junon, en attendant leur exécution. En chemin pour la chambre à gaz, préparez Barret et Cait Sith. L'ARME attaque Junon. Sortez, comme vous le suggère Cait Sith, par la droite pour rejoindre l'aéroport. Yuffie vous rejoint, déguisée en reporter.
Pendant ce temps là, Tifa essaye de récupérer la clé qui lui permettra de se libérer. Faites bouger ses deux jambes simultanément, puis faites la s'asseoir sur sa chaise. Pour finir, faites bouger en même temps ses deux jambes et sa tête pour attraper la clé et vous libérer. Passez par le trou que l'ARME a fait et continuez à courir. Scarlet vous rattrape. Giflez la (l'affrontement est très simple) et courrez au bout du canon. Vous atteignez enfin le Hautvent, et toute l'équipe est en sécurité.

Avec le Hautvent, partez en direction de Mideel, ville située au sud de Fort Condor. Clad est ici, très malade. Parlez au Chocobo dans le magasin, donnez-lui des légumes Curiel et chatouillez-lui les oreilles pour obtenir la Matéria Contenir. Faites le plein de nouvelles armes dans le magasin, et allez voir la porte du fond, qui demeure fermée. Sortez, allez à gauche et achetez des accessoires (profitez-en, certains ne se trouvent qu'ici). Examinez les planches du pont de bois, vous recevrez une Vieille Clé. Essayez de l'insérer dans la porte fermée chez l'armurier. Parlez au patron (dites-lui la vérité), il vous donnera un Anneau Maudit. Enlevez l'équipement de Tifa et retrouvez Clad en allant près du chien. Après les différents dialogues, prenez votre Hautvent et formez une nouvelle équipe, sauvegardez et demandez au pilote d'aller à Corel Nord pour trouver la seconde Matéria Noire.

Suivez le voie de chemin de fer. Dès votre entrée dans le réacteur, vous vous faites attaquer par des soldats de la Shinra. Le combat terminé, empruntez le train pour rattraper celui ayant la seconde Matéria Noire à son bord. Bougez les leviers en alternance pour accélérer, et sautez sur le second train. Combattez tous les ennemis qui s'y trouvent. Le temps vous est compté, et un beau cadeau vous attend si vous arrivez à stopper le train. Au niveau de la chaudière, un soldat bloque le passage. Tuez-le rapidement et arrêtez le train en levant, puis en baissant les leviers simultanément. Si vous parvenez à faire tout cela à temps, vous remporterez la Méga Matéria Bleue, et la Matéria Ultima.
Allez vous reposer, puis parlez à la femme au pantalon bleu pour obtenir la limite niveau 4 de Barret : Catastrophe. Prenez le Hautvent, et allez à Fort Condor.

Arrivé au Fort Condor, parlez au vieil homme et faites la Bataille Finale, qui vous permettra de récupérer la Matéria Phénix auprès de l'œuf éclos. Récupérez également la Méga Matéria Jaune auprès du vieillard.
Prenez le Hautvent et retournez à Mideel pour combattre la Dernière ARME. Mais avant de commencer le combat, il vous faudra aller voir l'infirmière pour vous reposer.

Mideel est totalement détruite par l'ARME. Suit un très long passage expliquant une grosse partie du scénario. Repartez avec le Hautvent en direction de Junon.

Pour entrer dans Junon, vous devez donner 10 Gils au garde. Traversez la ville, Clad remarque que le canon n'est plus ici. Suivez les militaires qui font de l'exercice jusqu'au tunnel sous-marin. Après un combat contre le Vaisseau Marin, vous retrouvez Reno, qui vous fera combattre contre un nouveau boss.

Prenez les trois coffres que vous trouvez sur le chemin. Entrez dans le sous-marin, sauvegardez la partie. Libre à vous d'attaquer ou non les gardes (vous pourrez leur voler l'armure Bêta Shinra). Faites couler le sous-marin rouge pour accomplir la mission et retournez à l'aéroport.
Allez à Fusée Cité, ouvre les coffres qui s'offrent à vous. Entrez dans la fusée pour combattre Rude.

Pour attraper la Méga Matéria Verte, faites le code : Rond, Carré, Croix, Croix. Parlez à l'homme qui vous avez donné l'arme Yoshiyuki pour qu'il vous donne Evangile de Vénus, nouvelle arme de Cid. Partez maintenant en direction de Canyon Cosmo.
 

Quête annexe (L'avion Gelnika) : Reprenez le sous-marin. Faites attention à ne pas croiser l'ARME sous les eaux, mais trouvez les différents éléments qui se trouvent dans les alentours : la Clé des Anciens et la Méga Matéria Rouge. Entrez dans l'avion, et allez vers la gauche pour combattre à nouveau Reno & Rude. 
 

BOSS 28 : Reno & Rude
Niveaux 49 et 42 - 20000 et 15000 HP - 280 et 230 MP 10500 EXP - 660 AP - 9000 Gils Ne donnent rien    Volez un Collier et un Anneau Résistant, puis battez vous sans réelle stratégie. Les invocations devraient faire l'affaire.

Dans les autres parties de l'avion vous trouverez un grand nombre d'objets et de Matérias (Hadès, Attaque Double). Prenez-les tous.

A Canyon Cosmo, prenez la Matéria Guérison Max à l'arrière du magasin d'éléments. Allez voir Bugen Hagen et donnez-lui les Méga Matérias. Touchez ensuite la Méga Matéria Bleue pour obtenir la Matéria Bahamut ZERO. Allez en direction de la Cité des Anciens. Accompagnez Bugen Hagen vers la gauche, suivez les différents évènements et insérez la Clé des Anciens que vous avez obtenue dans la quête annexe précédente (L'avion Gelnika). Après les différentes explications sur les motivations d'Aeris, prenez le Hautvent et posez-vous près de Midgar pour affronter l'ARME de Diamant, qui se dirige vers la ville pour la détruire.

Allez au Cratère Nord pour suivre une courte séquence, et retournez à Midgar.

Intégrez Barret dans votre équipe, et entrez dans la ville en parachute. Suivez maintenant Cait Sith, entrez dans le tunnel.
Descendez l'échelle, prenez les deux coffres et revenez pour descendre les marches. A gauche, vous pourrez récupérer un Bracelet d'Aegis. Revenez, allez maintenant à droite et grimpez au tuyau. Entrez dans le conduit, prenez les deux coffres et descendez l'échelle. L'arme Rayon Maximum (pour Barret) vous attend dans le conduit. Revenez sur vos pas et montez les marches pour sauvegarder. Continuez vers le bas pendant un certain nombre d'écrans. Vous trouverez la Matéria Elément W et un nouveau point de sauvegarde. Retournez en arrière, des Turks vous interpellent. Le combat n'est pas obligatoire, mais sachez que vous pourrez voler quelques accessoires pendant l'affrontement.

Continuez vers le haut. Passez devant vos amis et retournez au bâtiment de la Shinra pour récupérer de nombreuses armes : Bunker pour Barret et Poing Maître pour Tifa au deuxième étage, Lance Croissance pour Cid au 62ème étage et Cri HP pour Cait Sith au 64ème étage (dans un casier). Revenez sur vos pas, allez à gauche dans le tunnel : Heidegger et Scarlet vous attendent.

Continuez votre progression tout en prenant les coffres (vous gagnerez Manuscrit Absent, la meilleure arme de Barret s'il est dans votre équipe). Préparez vos personnages en les équipant de Rubans. Vous aboutissez enfin devant Hojo, qui vous donnera du fil à retordre...

La Shinra n'est plus. Il ne vous reste maintenant qu'une chose à faire : anéantir Sephiroth. Pour cela, rendez-vous sur le troisième et dernier CD du jeu.