Dévoilé pour la première fois en avril 2009 dans les magazines généralistes américains, le nouveau projet du défunt studio cavia est avant tout pour les initiés un successeur de la série Drakengard. C'est aussi un exercice difficile pour Square Enix, qui, à cette époque, tente de multiplier les initiatives à destination du marché international, tout en conservant son âme de machine à rêve productrice de RPG japonais charismatiques. Malgré une économie de moyen apparente et une équipe réduite, NieR sort de son silence en avril 2010 et conquiert les PlayStation 3 et Xbox 360. Au Japon, deux versions seront proposées dans des formules différentes, NieR: RepliCant et NieR: Gestalt. Leur principale différence tient du design du personnage principal. La version Gestalt, où Nier y apparaît plus « occidental », fera office de version commune à tous les pays en dehors de l'archipel. Malheureusement, le jeu connaîtra un échec commercial, ce qui n'empêchera pas son réalisateur Tarô Yokô d'imaginer une suite, NieR: Automata.

Été 2049 : dans une ville de Tokyo ravagée, Nier et sa petite fille Yonah tentent tant bien que mal de survivre, affamés et démunis, chassés par les Ombres contre lesquelles le père ne pourra pas lutter. C'est alors qu'il cède à la proposition d'un mystérieux grimoire qui déclare pouvoir lui octroyer des pouvoirs magiques. Une victoire et 1300 ans plus tard, dans un petit village à l'aspect résolument médiéval, Nier et Yonah mènent une vie simple. Son père passe le plus clair de son temps à chercher un remède à la maladie de sa fille et à aider les villageois, qui vivent dans la crainte d'être à nouveauté attaqués par les Ombres. Dans ce monde qui ne tourne plus rond, la violence et le désespoir sont monnaie courante, mais la poésie et l'espérance tiennent une place tout aussi importante. Ainsi commence une aventure aussi touchante que sanglante, aux fins multiples et aux interprétations nombreuses.